TWAREN自規劃以來,便邀集全國資深學者專家及專業人員組成「台灣高品質學術研究網路諮議委員會」,對TWAREN各計畫事項、協調事宜及執行推動策略等,皆透過該委員會達成共識及研擬具體措施。
其下設有「技術小組會議」負責技術研發與各GigaPOP網路管理,有關網路維運工作,則由國網中心南部分中心的網路維運中心為總維運中心 (NOC)。第三層設兩個單位,「應用推廣小組」負責推廣TWAREN在學術研究的應用;「使用者團體」由TWAREN的使用者所組成,整合使用心得與意見,共研技術方向,讓TWAREN能夠朝供給與需求的正向發展,提供學研產界使用者最先進的網路技術與服務。